政教分離は89条で定められている。

 〔憲法〕

第二十条　信教の自由は、何人に対してもこれを保障する。
いかなる宗教団体も、国から特権を受け、又は政治上の権力を行使してはならない。
②　何人も、宗教上の行為、祝典、儀式又は行事に参加することを強制されない。
③　国及びその機関は、宗教教育その他いかなる宗教的活動もしてはならない。

第八十九条　公金その他の公の財産は、宗教上の組織若しくは団体の使用、便益若しくは維持のため、又は公の支配に属しない慈善、教育若しくは博愛の事業に対し、これを支出し、又はその利用に供してはならない。   

 政教分離の思想は欧米で生まれたもので、近代化と共に非キリスト教国にも浸透していった。 日本では明治以来、国家と神道が結びついていたが、第2次大戦後、GHQ(連合国軍総司令部)による神道指令(1945年)で、国家と神道が分離された。 政教分離が本格的に確立したのは、戦後発布された日本国憲法においてである。